16小時就揭開病毒“真面目”,深圳疾控新冠溯源團隊做了什么?
2022-01-12 21:53
來源: 深圳商報

16小時就揭開病毒“真面目”,深圳疾控新冠溯源團隊做了什么?

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讀特客戶端·深圳新聞網(wǎng)2022年1月12日訊深圳商報記者 袁靜嫻)近幾日,深圳市疾控中心的應急實驗樓徹夜燈火通明。這里是深圳市疾控中心新冠溯源團隊的實驗場所。從1月6日晚上,拿到此次“0107”疫情的第一個新冠病毒核酸檢測陽性樣本開始,這支團隊已經(jīng)連軸轉(zhuǎn)了4天5夜。

1月10日,深圳通報,“0107”疫情前4個病例感染的毒株均為德爾塔變異株(AY.103進化分支),且100%同源。綜合分析,本起疫情源頭為境外輸入引起的本土疫情,暴露于境外新冠病毒污染物品引起感染的可能性大。為查清疫情源頭做出重大貢獻的,正是深圳市疾控中心新冠溯源團隊。

“早一分鐘確定傳染源,就為跑贏新冠病毒增加多一分勝算?!?0日,深圳市疾病預防控制中心病原生物研究所副所長、深圳疾控新冠溯源團隊負責人何雅青接受讀創(chuàng)/深圳商報記者專訪時如此表示。此次,何雅青帶領(lǐng)的團隊僅用16小時,就查清了本起疫情病例1、2感染的新冠病毒型別,較之前足足提前了8小時。

爭分奪秒,凌晨5點狂奔回所

時間回到1月6日。

當天晚上10點半左右,何雅青接到深圳本地的“10混1”核酸檢測樣本里有一個呈可疑陽性,拿到核酸初篩的熒光PCR結(jié)果圖,看了幾眼,憑著豐富的經(jīng)驗,她已基本確定深圳可能出現(xiàn)新冠病毒感染病例。

“本土出現(xiàn)新冠病毒感染病例,這是大事,必須馬上進行病毒基因溯源。”何雅青腦中的警鈴立馬拉響,她第一時間打電話給團隊相關(guān)成員,做好要回單位做新冠病毒全基因組序列測定的準備。何雅青立即給中心領(lǐng)導發(fā)了信息——“已安排:如出現(xiàn)陽性病例,第一時間測序”。

晚上11點半,經(jīng)過實驗確認,證實是新冠病毒核酸陽性。之后,第二個核酸檢測可疑陽性的樣本也送到市疾控中心,經(jīng)實驗室確認,證實出現(xiàn)第二例新冠病毒感染者。

基因測序需要經(jīng)過樣本前處理、文庫構(gòu)建、測序反應、生物信息學分析等步驟,其中,文庫構(gòu)建包括RNA反轉(zhuǎn)錄、擴增等。團隊里的朱燦身兼核酸檢測和病毒溯源組的工作,7號凌晨4點,核酸檢測工作結(jié)束后,朱燦又連忙開始了做基因測序的文庫構(gòu)建的第一步,進行RNA反轉(zhuǎn)錄?!盎驕y序流程一環(huán)扣一環(huán),特別是出現(xiàn)了本土病例,每個人都打起了100分精神,不敢絲毫松懈?!焙窝徘嗾f,在這緊張忙碌的過程中,發(fā)生了很多讓她感動的事。

為了盡快出結(jié)果,按何雅青幾小時前的安排,1月7號凌晨5點,天還沒亮,測序組的魏欣儀就已經(jīng)急忙從家里趕回單位,著手測序工作。組里另一成員陳龍原定7號白天出發(fā)去甘肅提親,得知出現(xiàn)本土病例需要病毒溯源后,考慮到疫情影響怕不能及時返深,7號早上五六點便打電話給何雅青,表示推遲提親,先回所里開展工作。

基因溯源,讓病毒來源“一錘定音”

7號早上八點多,官方公布深圳報告2例新冠確診病例的消息后,坊間開始有謠言出現(xiàn),有人說是奧密克戎,有人說是德爾塔。為了盡快出結(jié)果,堵住謠言,團隊更是不敢松懈?!皽y序反應步驟結(jié)束下機時,拿著原始數(shù)據(jù),組員李詩敏和盧清菊從二樓跑到四樓,第一時間把U盤插到服務器上,迅速開始拼接病毒基因序列,一秒鐘都不敢耽誤?!焙窝徘嗾f,“還有,學生屈雅麗在本次溯源中,也十分投入,成長很快?!?/p>

1月7日晚上8時,基因測序結(jié)果出爐,顯示此次病例1和病例2感染的新冠病毒為德爾塔變異株(AY.103進化分支),兩者的同源性為100%?!笆堑聽査儺愔?,不是奧密克戎!”報告的出爐為病毒型別“一錘定音”,何雅青也大松一口氣,立馬把這消息向上級領(lǐng)導報告。

晚上11點12分,深圳衛(wèi)健委微信公眾號發(fā)文“深圳2例確診病例基因測序結(jié)果:為德爾塔變異株”。推文一出,大家紛紛轉(zhuǎn)發(fā)。對所有人來說,這都是一個好消息。

何雅青告訴記者,奧密克戎相對德爾塔,傳播性更強,如果是奧密克戎,深圳恐怕會面臨更大的挑戰(zhàn),相關(guān)工作人員的排查工作也會更艱巨?!案匾氖?,我們此前還沒有處理奧密克戎的經(jīng)驗,這意味著風險性也更大。”

技術(shù)護航,科學研判疫情

何雅青介紹,此次新冠病毒全基因組序列測定使用的是高通量測序技術(shù),也稱二代測序技術(shù)。“2021年5月11日國家發(fā)布的第八版新冠肺炎防控方案中有明確指出新冠病毒溯源要使用二代測序技術(shù),我們單位一直采用這個技術(shù)進行新冠病毒的溯源實驗,包括去年的‘5.21’和‘6.14’疫情?!?/p>

在何雅青看來,出現(xiàn)新冠病毒本土病例后,第一時間進行病毒溯源十分重要。“我們首先要確定病毒的型別,然后要確定病毒的來源。對不同型別的新冠病毒,我們劃定的重點人群和重點區(qū)域,以及所采取的防控措施是有所不同的。其次,通過與深圳、廣東省、全國輸入病例以及國外的新冠病毒序列的比較,可以確定病毒的源頭”,何雅青表示,通過病毒基因序列的比對,可以推斷疫情的傳播的源頭是否是同一來源——如果病例的新冠病毒全基因序列高度同源,可以推斷是同一感染來源或同一傳播鏈。如果新冠病毒全基因序列不是同一個型別,或者同源性不高,就可以推斷是不同來源的新冠病毒,這對疫情的研判起到至關(guān)重要的作用。

年輕“勁”足,與病毒源頭抗戰(zhàn)到底

高效溯源工作背后,是一支年輕的團隊。

第一個“年輕”是成立時間短。2020年1月,何雅青工傷初愈回到所里上班后,第一件事就是組建新冠溯源平臺?!白鳛橐粋€病毒分子流行病學的研究學者,我始終覺得我們該有自己的病毒基因溯源團隊。”何雅青說干就干,擬項目、組團隊、買設備,深圳市疾控中心新冠溯源團隊不到一個月就已成形。

第二個“年輕”是平均年齡小。何雅青組建的這支團隊,平均年齡也很年輕,大部分為90后,甚至還有00后?!安《舅菰床⒉皇且粋€輕松的工作,我們常常要跟病毒賽跑。”在何雅青看來,年輕人有活力,有干勁,學習快,肯吃苦,正好與基因溯源工作相契合。

自組建以來,不分白日晝夜,不分節(jié)假日,熬夜加班成了這支團隊的家常便飯。平時,他們需要承擔新冠病毒日常檢測和確認、信息報送工作,遇到新冠病毒陽性樣本報告時,便要爭分奪秒地開始新冠病毒溯源工作?!懊客瓿梢淮嗡菰垂ぷ鳎袛喑霾《镜脑搭^,我們都會深感自豪。”何雅青說。

從“5.21”到“6.14”,再到此次的“0107”疫情,這已經(jīng)是團隊第三次遇到突發(fā)新冠病毒本土病例的“考試”。每一次,何雅青的團隊交出的“考卷”分數(shù)都刷新高,基因測序時長從一開始的27小時到24小時,再到這次的16小時,為政府決策以及流調(diào)人員排查潛在感染者(密切接觸者)多爭取了寶貴的8小時,保護了更多人的生命健康。

[編輯:黃春才]